Eu também ja usei, tem um modo onde ele so grava o sistema, em outro modo ele salva o usuário que está criando, e existe um modo onde ele grava tudo do diretório / e da /home, é tanto que a minha primeira tentativa ficou com mais de 5G, no disco que uso agora eu tive o cuidado de fazer um backup das minhas configurações em um outro lugar e so usei as configurações que eu sabia que poderia compartilhar. Apaguei o histórico de navegação e as pastas de configuração do nautilus alguns arquivos pessoais e etc. Fiz o disco e coloquei tudo de volta. depois foi que eu percebi alguns probleminhas que ficaram e que resolvo novamente a cada instalação.