Existem imensos tutorials para configurar o samba e bons aplicativos frontend para o samba (procure por "swat"). Na verdade é só procurar no google. Mas a minha opinião, de quem já configurou algumas redes empresariais é, não se meta nisso... Se quiser passar tudo para unix, tudo bem. Se é para pontualmente, ou a nível de administracao, transferir ficheiros, existem programas como o putty ou o winscp do lado do windows que fazem o trabalho.
O ponto forte do unix acaba por ser o sistema de permissões que o windows não entende. O samba acaba por abrir todas as permissoes e trabalha como se fosse partilha universal. Se numa impressora é aceitável, dificilmente é aceitável num ambiente profissional. Quando se tenta configurar níveis de permissões, o active directory não se dá muito bem com o unix. Não digo que é impossível, digo é que ou se trabalha com windows ou com linux e sistemas hibridos são úteis para travar ataques convencionais, mas com custos de interligação muito elevados, nomeadamente tempo de configuração.
O ubuntu possui um excelente produto desktop. Permite a qualquer utilizador utilizar, continuando a ter um office e demais ferramentas de trabalho e com uma rápida habituação ao mesmo. O terminal service permite utilizar programas em windows num desktop linux como se trabalhasse no windows. O vmware é também uma boa solução. Numa empresa é uma boa opção e na verdade estou a transferir a terceira empresa para este sistema. Unix com unix, sim. Windows com windows, sim. Misturar perde o melhor dos dois e ganha-se muito pouco...
É a minha opinião...
P.S. Se a ideia é uma montagem simples, tipo doméstico, os links que coloquei abaixo podem ajudar.
http://www.vivaolinux.com.br/artigo/Configurando-o-Samba-de-maneira-simples-e-funcional/http://web.mit.edu/rhel-doc/3/rhel-sag-pt_br-3/s1-samba-configuring.htmlhttp://www.guiadohardware.net/tutoriais/samba-swat/Cumps