Para falar a verdade acho que alguns estão sendo injustos com o UTF-8. O UTF-8 veio justamente para resolver o problema de compatiblidade entre idiomas uma vez que suporta mais caracteres que o ISO-8859-1, desta forma ao invés de ter um ISO para para idioma ou grupo de idiomas temos o UTF que unirá todos os idiomas.
O que está acontecendo é o que acontece em toda "atualização", algumas incompatibilidades. Eu particularmente incluí o ISO-8859-1 através da reconfiguração dos locales mas mantive meu Ubuntu com UTF-8, selecionando as opções corretas na montagem de arquivos Windows. O sistema configurado desta forma reconhece ambos os formatos de arquivos.
Os caracteres estranhos de arquivos texto entre ISO e UTF são facilmente corrigidos com o iconv, que é um programa feito justamente para mudar a codificação de arquivos texto. Em alguns programas, notadamente o Gedit, também é possível selecionar entre o formato do arquivo entre UTF-8 e ISO-8859-1, poupando o trabalho de usar o iconv posteriormente.
Bom estas são as minhas experiências ao usar o Ubuntu com o UTF, espero ter dado uma luz sobre o assunto.
FaBMak