Certeza que usou o comando correto? o correto seria segundo a sua sintaxe seria:
egrep -v "^#|^$" squid.conf.defaults | sudo tee squid.conf
Vc sabe que, segunto a sua linha de comando, todo o conteúdo de squid.conf será apagado e dentro dele estará apenas o resultado do grep, é isso o que quer?
Pois não tem volta.