Desinstala ele sudo apt-get --purge remove vlc, depois siga esse tutorial para instalar a mais nova versão VLC 1 RC, esta muito melhor e não tem esse problema ds janelas e traz muitas outras novidades. Até agora está ótimo, e agora mesmo enquanto estava escrevendo esta nota apareceu algumas atualizações. Experimenta e veja se resolve pra voce, para mim foi a melhor coisa que fiz, agora esta muito bom e ão troco por outro.
