Os emuladores utilizam plugins para poder simular o hardware do videogame, como som, gráfico e controle. Você pode configurar o plugin gráfico, por exemplo, para melhorar o desempenho ou para aplicar filtros de texturas para melhorar o visual. Vamos ao problema do controle:
No Mupen, vá em "Options > Configure". Na aba "Plugins", verifique os plugins de controle (input), para ver as opções disponíveis. Eu uso o blight's SDL plugin, acho que já vem instalado (caso não venha aí, baixe
aqui e salve na pasta "plugins" do Mupen).
É um excelente plugin, com suporte a Rumble Pack e outras coisas (uso com dois joysticks de PS1, com dualshock ligado e funcionando
.