Comigo, ele sugere umas 4 ou 5 mudanças... eu aplico todas, mas 1 ou 2 ele não consegue deixar permanente. Uma relacionada ao usb, se não me engano.
É normal isso, visto que sistemas são configurados de modos diferentes, o powertop não consegue adivinhar tudo. Daí tem que mudar essas na mão mesmo.