Sim o problema se repete com o nautilus em modo root, mas algo que descobri é que tenho acesso aos menus, com a combinação alt+m está ativando e desativando os menus, de qualquer forma este problema não é algo que prejudique a usabilidade do nautilus, na verdade ficou até melhor, é que como nunca havia visto esta interface mais compacta no nautilus fiquei curioso como reverter, então meu problema não foi ainda solucionado porém não é algo crítico e sim apenas estético, obrigado pela resposta.