1- Você faz a pasta que quiser, uai. Isso se você baixar pacotes .deb ou .tar pelo navegador (o procedimento tradicional de download). Se você só usar os repositórios, pelo apt-get no terminal ou no synaptic, não precisa se preocupar com isso. Nesse caso, os pacotes .deb vão para a pasta /var/cache/apt/archieves
2- ...já estará instalado. O synaptic instala. A não ser que você assinale a opção "apenas baixar", ou coisa parecida.
3- É um servidor onde ficam hospedados os arquivos .deb e indexados de forma inteligível para o aptitude, de forma que o apt-get, aptitude ou synaptic vão poder resolver as dependências corretamente - tipo, se você quer instalar o pacote x e ele depende do pacote y, você apenas manda o synaptic/apt-get/aptitude instalar o pacote x e estes programas instalam automaticamente o pacote y.
O Repositório do ubuntu tem suas seçõesprincipais e as seções 'unsupported' e 'backport' que são desabilitadas por padrão se eu não me engano. Nas configurações do synaptic deve ter como mudar isso de forma visual e óbvia.