Visto que ninguém respondeu, vo tenta te ajudar aqui...
Sobre as pastas, não sei não cara, nunca vi algo assim ou me importei com isso
Mas sobre o terminal tem sim, eu deixo o meu transparente também, e é bem facinho de fazer. Abre um terminal, daí vai em Editar > Preferências do Perfil (ou só preferências). Na terceira aba ('Cores'), tu ajustas como tu desejas as cores do teu terminal, no meu caso, eu deixei bem clássico com verde escrito no fundo preto. Na 4a aba ('Plando de Fundo'), tu selecionas 'Fundo Transparente' ao invés de 'Cor Sólida', e dae na barrinha de transparência tu estipulas o nível de opacidade do teu terminal. Fácio fácio =D
Espero ter ajudado, abraços!