O Windows se auto-gerencia, ele proibi certas alterações em seu sistema, ele esconde seu código e até repõe um arquivo que foi deletado pelo seu próprio usuário viabilizando a continuidade de sua estabilidade.
Já no Linux, vemos um sistema totalmente subordinado à conduta do seu usuário. Eu posso fazer a alteração que desejar nele, alterar suas configurações conforme minha necessidade e vontade.
Note que isso é sensivelmente visível para qualquer usuário.
Agora pense, é preciso mais do que isso para imaginar a razão do Linux ser mais seguro do que o Windows?
Se o ambiente do sistema operacional da Microsoft é capaz de se mover sem a intervenção de seu usuário, logo, tudo que se integrar ao mesmo poderá se manifestar automaticamente. Ao contrário do que acontece no Windows, no ambiente do Linux é preciso que um "vírus", por exemplo, seja autorizado a manifestar-se através do Terminal para depreciar o sistema operacional.
Acho esta a diferença marcante entre o Windows e o Linux. O primeiro assume parte significativa da responsabilidade pela estabilidade do sistema e este último depende muito mais da prudência e conhecimento do seu usuário.
Eu espero que os usuários de ambos os sistemas entendam que minha crítica é superfícial, não tenho conhecimento científico sobre o assunto, a minha análise sobre este aspecto é meramente intuitiva. Sei que, no fundo, ambos os sistemas têm auto-gestão, mas em diferentes níveis. O Windows, como já foi dito aqui, é, sem dúvida, o agente que proporciona maior dualidade de gestão (ele mesmo vs o usuário).