Já usei o aptoncd e não gostei - fiz uma instalação do ubuntu numa máquina virtual e ele simplesmente não reconheceu nenhum pacote salvo.
Já o remastersys faz um backup do sistema inteiro com todos os programas já instalados, exceto alguns que ele não reconhece, geralmente programas de terceiros.
No meu backup só não entrou o Wine e o virtual box, o resto ficou plenamente funcional.
Ou seja, o aptoncd é uma excelente idéia, mas o remastersys dá conta do recado muuuuito melhor.