Tive o mesmo problema com o 10.04 64 bits...
Achei uma solução que deve servir para todas as versões:
No synaptic:
1. Desinstalar todos os pacotes java do IcedTea
2. Instalar o java da sun (jre, bin, plugin)
No terminal:
1. Executar o firefox com sudo (sudo firefox)
No firefox
1. Aceitar o certificado java.
2. sair e executar o firefox com usuário normal.
Acredito que algum script do Banco do Brasil precisa ser root pra rodar. That's all...