Tanto faz na verdade. Quando o problema começou eu tinha apenas as portas 1.1, depois comprei uma plaquinha PCI com 4 portas USB 2.0, desativei as de 1.1 e deixei só as 2.0. O problema se manteve igual em todos os casos, qualquer dispositivo USB conectado trava o Ubuntu imediatamente.
Já atualizei a bios da placa mãe, por desencargo de consciencia, mas o problema persiste.
Alguma idéia do que pode ser?