O Ubuntu não sobe no nível 5, e sim no nível 2.
Também não usa mais o "inittab", e sim o "upstart".
Pra matar a interface gráfica, vc pode usar o comando "sudo service gdm stop".
A pergunta é teria uma forma prática de trabalhar de tal forma com o ubuntu assim como no Fedora?
Não.
Eu espero que você não me interprete mal... eu adoro o Ubuntu (na verdade o Kubuntu), e sempre vou dar preferência a ele nos computadores sob minha responsabilidade.
Mas... no seu caso, eu recomendo que você instale o Fedora em todas as máquinas. O motivo é simples: padronização do parque. Simplificação dos procedimentos. Inclusive, se suas máquinas forem todas iguais, vc pode criar um esquema de imagem de instalação, simplificando e agilizando a instalação.
Se você não tivesse experiência prévia com o Fedora, eu iria te recomendar o contrário: migrar tudo pro Ubuntu. Até pq eu tenho restrições severas contra o uso do Fedora em produção (já usei e me arrependo amargamente). Mas a gente tem que ser pragmático, nessas horas.