Eu estava enganado, a opção RTCornerButton não significa botão direito, mas sim a área do canto direito superior do touchpad funcionar como um botão. No caso:
1º)
synclient RTCornerButton=1
fará com que, quando você der um toque no canto direito superior do touchpad, tenha a função de clique com o botão esquerdo
2º)
synclient RTCornerButton=2
fará com que, quando você der um toque no canto direito superior do touchpad, tenha a função de clique com o botão do centro (poucos notebooks tem este botão, normalmente ele serve como um ctrl+v)
3º)
synclient RTCornerButton=3
fará com que, quando você der um toque no canto direito superior do touchpad, tenha a função de clique com o botão direito (que é o que você quer)
4º)
synclient RTCornerButton=0
desativa a função
Se você usar RBCornerButton no lugar de RTCornerButton num desses comandos, a região ativada será a inferior do canto direito. Parece que na verdade é um bug que afeta alguns usuários e que deve ser corrigido. Neste
tópico do fórum internacional tem informações sobre o bug e sobre o uso do touchpad como botão direito/esquerdo/central, foi de lá que retirei algumas informações desta resposta.
Qual versão do Ubuntu você usa? 12.10? Funcionava no LiveCD/LiveUSB?