Ola
Pelo pouco que sei, monitores de LCD não necessitam de acerto em taxa de refresh, visto isto ser acertado pelo monitor, e apenas por uma questão de compatibilidade a monitores de tubo CRT o sistema mostra alguma taxa, mas esta não significa nada para os LCD.
Quanto a salvar o estado das janelas, seria interessante postar qual a versão do seu Ubuntu, se tem o compiz ativado ou se usa outro decorador de janelas, bem como qual seu ambiente grafico.
[]'s