bom, você pode editar os marcadores do Nautilus (navegador de arquivos do ubuntu).
por padrão, o Nautilus define 5 marcadores, um para cada pasta abaixo:
/home/$NOMEUSUÁRIO/Documentos
/home/$NOMEUSUÁRIO/Música
/home/$NOMEUSUÁRIO/Imagens
/home/$NOMEUSUÁRIO/Vídeos
/home/$NOMEUSUÁRIO/Download
mas dependendo do nome do usuário e do idioma que você instalar o Ubuntu na sua máquina, isso pode variar.
você pode abrir o nautilus indo em "Locais / Pasta Pessoal". em seguida, na janela que surgir, você pode editar o caminho dos marcadores acima indo em "Marcadores / Editar marcadores".
ou, se preferir fazê-lo pelo terminal, é só editar o arquivo "/home/$NOMEUSUÁRIO/.gtk-bookmarks". todo o conteúdo referente aos marcadores está lá, e qualquer alteração feita nele é refletida em tempo real na maioria das vezes.
mas isso pode afetar alguns programas do Ubuntu. o Firefox, por exemplo, não consegue salvar os seus downloads na pasta "Download" existente no marcador, assim passando a salvar os arquivos baixados na pasta raíz do usuário. você precisará alterar essa configuração diretamente no Firefox. e também precisará fazer o mesmo em outros programas que tenham esse mesmo problema.