Eu costumo particionar meus servidores com 2 Discos assim :
HD1 (500GB)
swap (até 2gb de ram use 2gb de espaço, mais que 2gb de ram use somente metade do valor para o swap, lembrando que swap é "memória cara" ou seja, ela é lenta em relação a RAM, e não é muito utulizada, então não há sentido manter um espaço muito grande se você possui memoria RAM suficiente)
/boot 500MB (até 1Gb) EXT4
/ geralmente uso de 40% a 50% do espaço do disco porque não separo em muitas partições, mas é preferencia minha. EXT4
/home de 40% a 50%, depende de como eu setei a raiz (/)
/tmp 5GB (Nunca precisei mais do que 1Gb na tmp mas nunca se sabe o dia de amanha, então deixo sempre um lastro EXT4
/var/log Com o que sobrar do disco, outra vez, uma preferência minha separar o /var/log em partição, ja precisei ver logs de um servidor com a raiz ferrada e "me ferrei" então separo e se a raiz bixar posso tentar ver o que aconteceu EXT4
HD2 (Qualquer Tamanho)
/media/backup quando eu utilizo sistema de backup por rsync, tenho scripts para tudo o que eu preciso salvar, .confs, db´s, home, logs, etc.
Uma variante dessa formatação é a NÃO utilização do segundo HD para backup e sim para o diretório HOME, geralmente em servidores de arquivos com samba ou NFS/NIS, onde o volume de usuários é grande e é necessário espaço maior no servidor para comportar o volume de usuários. O backup ficaria em um terceiro disco, unidade externa ou outro servidor na rede.
Com RAID a história é outra, com HardRAID (controladora dedicada ou o SATARAID da MB) se tiver 3 ou mais discos eu aconselho RAID 5 ou 10, se tiver 2 Hds só nos restar MIRROR
OBS: O problema do RAID é a dependência do mesmo para o acesso aos dados nos discos, já tive muito problema usando RAID build-in da MB, quando voce precisa trocar a MB por outra marca/modelo que não é compativel com a anteriror seus dados "SIFU", o mesmo vale para controladoras dedicadas.
NÃO USE SOFTRAID isso só "f.o.d.e." com a vida do cidadão.