Eu estou com o mesmo problema. Criei uma pasta e salvei um arquivo em uma partição NTFS através do UBUNTU 11.10 (coisa que ja fiz várias vezes sem problema algum) Salvei o arquivo fechei, abri novamente mais tarde, tudo ok. Quando suspendi a sessão e posteriormente reiniciei o sistema a pasta e o arquivo dentro dela sumiram. Outros arquivos aparecem na partição normalmente.