Sim, procede; mas o comando update-rc.d atualiza o upstart, também.
No entanto, observe uma coisa: o nome do serviço é (ou deveria ser) "mysql-server", não "mysql". Na dúvida, tente um "service mysql-server status", e confirme.
Outra coisa que notei é que alguns pacotes [do kubuntu] começaram a usar uma base de dados mysql. E quando encontram o mysql-server instalado, ativam-no sem perguntar se devem fazer isso. Talvez seja o seu caso.