*.deb
Na verdade o Synaptic serve para baixar programas diretamente dos repositórios. Esses programas possuem o formato deb, porém são instalado automagicamente. Mas se tratando de um programa que não esteja presente nos repositórios, podes sim baixar os *.deb que teoricamente eles instalarão via modo texto (comando dpkg) ou até mesmo por modo gráfico (gdebi). Só lembrando que arquivos deb é um formato de pacote do Debian, que é a distribuição-pai do Ubuntu e do Kurumin. Logo, pode dar algum problema se você sair instalando qualquer pacote deb que vê por aí, principalmente os direcionados exclusivamente para o Debian. Ou simplesmente não pode dar problema nenhum. Tente baixar sempre os *.deb orientados para o Ubuntu. Mas de vez em quando vale à pena se arriscar.
Existem também os *.rpm, próprios de distruibuições baseadas no Red Hat, que não são pacotes nativos do ubuntu. Mas você pode convertê-los para pacotes *.deb utilizando um programa chamado alien, presente nos repositórios.