Então, dá pra converter, mas exixte um problema que é fazer com eles fiquem em ordem. Então, clicando com a direita na pasta e escolhendo abrir com o reprodutor de filmes Totem, aparecerá a playlist ao lado do vídeo, essa enumeração da playlist me parece corresponder a ordem em que os arquivos estão na pasta. Abrindo a pasta normalmente dando dois cliques, como você já notou, alguns arquivos aparecem como miniatura (ou como aquele icone que indica que é um vídeo), e alguns aparecem como codificações (arquivos de texto codificados), apesar de todos terem a extensão ts, nem todos são videos, alguns são links para o player acessar os vídeos em determinada ordem, porém alguns não parecem ser vídeos e são, então para saber, siga a playlist do Totem.
Então vamos lá, você pode fazer duas coisas:
1- você pode converter cada arquivo que aparece na playlist do Reprodutor de filmes Totem, com o programa de conversão que você preferir. Eu recomendo o Openshot ou o Avidemux, que vai lhe permitir criar um vídeo só adicionando as faixas em sequência, juntando-as, cuidado para não errar a ordem ou esquecer alguma parte. Aqui tem um tutorial de como fazer isso com o Openshot:
http://blogrodpaulo.blogspot.com.br/2012/02/unir-varios-videos-com-openshot.html
e aqui com Avidemux
http://tutorfreebr.blogspot.com.br/2012/05/como-juntar-videos-usando-o-avidemux.html
Veja qual é o mais fácil pra você, o que atende melhor ao que você precisa. Eu acho o Openshot mais simples de utilizar.
2- você pode instalar o RecordMyDesktop ou outro programa para gravar a área de trabalho da central de programas e gravar sua área de trabalho enquanto assiste o vídeo. Depois de grava-lo você pode edita-lo como o Openshot, (recortando a parte anterior a abertura do vídeo em que aparece seu desktop) convertendo para qualquer formato também se preferir.
Esse vídeo ensina a utilizar o RecordMyDesktop
http://www.youtube.com/watch?v=A0Tn3Z8OklQ
É preciso entender que esse problema em converter o m3u8 você vai encontrar em qualquer plataforma, porque quando se cria um m3u8 não se pensa em voltar atrás. É algo que você faz por um determinado motivo (geralmente pelo tamanho) visto que você tem os arquivos originais e poderia simplesmente utilizá-los. É como embutir legendas em filmes com Avidemux, você não pode pensar em remove-las depois, não dá (porém se você quer ter a opção de ver sem legendas mantenha o original ou utilize o DeVeDe que fará como que a legenda possa ser escolhida através do player ou aparelho de DVD). É preciso saber também que o arquivo resultado dessa conversão será muito maior que os em ts do m3u8.
Boa sorte, meu camarada!