Quando eu usava KDE, costumava usar um aplicativo chamado KNotes, que tem uma funcionalidade bem simples e, pelo menos pra mim, bem prática. Mexendo no na janela para Adicionar aplicações, encontrei o TomBoy, um aplicativo escrito para o Mono que cumpre muito bem essa tarefa: Você abre uma nova nota, define um título para ela, e ela vai estar sempre disponível na barra de aplicativos. O mais legal que esse aplicativo traz é o recurso de WikiWords (PalavrasEscritasDesseJeito), ou seja, quando em uma nota qualquer você escreve o WikiName (que é o título) de uma outra nota, ele te provê um link para a outra nota. Existe também uma opção que verifica se foi incluída em alguma nota uma WikiWord que não seja uma nota e te dá a opção de criá-la. Ele também pode usar plugins específicos como por exemplo o Reminder (
http://raphael.slinckx.net/tomboy.php).
Valeu