Bom, vc usa ATI, e usa os drivers livres. Para ter um bom suporte aos recursos 3D da sua placa, vc precisa instalar os drivers proprietários. Os drivers livres não tem suporte à openGL, que acelera o processamento gráfico via hardware, logo tudo é processado via software no seu computador, ficando a placa de vídeo "ociosa". Pelo menos, aqui na minha placa onboard Intel, quando rodo emuladores sem o openGL, fica bem lento e perde desempenho.
Outro motivo de ficarem lentos, pode ser a questão do tamanho da janela do jogo. Quando roda em fullscreen, o computador trabalha mais para processar os gráficos, enquanto que em janelas menores, o trabalho é bem menor. Aqui no meu note, quando eu tento rodar o emulador de snes em fullscreen, fica bem lento, mas se eu mantiver a janela pequena, tipo 1x ou 2x, roda bem!