Olá. Eu conheço Game maker e o que você está tentando hoje é impossível mas, talvez o Game Maker venha para o linux.
Após o steam vir para o ubuntu, as empresas estão começando a ver o sistema operacional do pinguim com bons olhos.
A unity 4 virá para linux então, porque não o game Maker (vamos rezar para dar certo).
Agora o porte de um jogo de Game Maker para linux, você necessitará programar tudo do zero com bibliotecas gráficas estilo SDL, SFML, etc. um conselho. Use a SFML. Os tutoriais são ótimos e é mais fácil.
Este é o grande problema de usar um motor proprietário para a construção do jogo. As atualizações são feitas através da boa vontade dos criadores. Se fosse opensource: o porte para linux existiria à muito tempo.
Eu não culpo o Game Maker. Eu estou juntando dinheiro para comprá-lo um dia. É uma ótima plataforma mas, o único problema é que a sua multiplataforma fica só com Windows, MacOS, windows mobile, android e IOS.
Quando houver a necessidade de desenvolvimento para Linux, WiiU, PS3 e Xbox 360, você vai ter que aprender a boa e velha programação.