Ola
Já tentou atualizar via linha de comandos?
Entre em terminal e digite sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
coloque sua senha e tecle <enter>
depois do flash instalado, digite => idioma no campo de pesquisas do dash (o simbolo do ubuntu) e atualize os pacotes de idiomas
[]'s
Acabei de tentar, e aconteceu algo curioso.. O usuário em que executei a atualização está ok... Não exibe mais as mensagens... Mas é só criar um novo usuário que as mensagens reaparecem para esse usuário.. Fiz alguns testes aqui, tentei ir deletando alguns arquivos do /etc/skel até chegar ao ponto de criar um usuário a partir de um /etc/skel vazio, e as mensagens sempre apareceram..
Estou disponibilizando os xsession-errors de cada usuário que criei no link abaixo:
https://docs.google.com/file/d/0B6TScIMkPOGJaWJuVVFjdjZHbEU/editSendo que o usuário anakin, foi criado com o /etc/skel vazio e o usuário shubaca é o que não está mais apresentando a janelinha pedindo atualização..
Só lembrando que estou no Ubuntu 12.04.1 LTS ...