Vamos por partes, voce instalou pelo arquivo bin, porem provavelmente ele nao estará no /usr/bin, isto será necessario para inicializar aplicativos que necessitam do java como o Mercury, dá para fazer um link do executavel da sua pasta home para o /usr/bin como por exemplo dentro da pasta /usr/bin execute:
$sudo ln -s /home/seuuser/pastadojava/bin/arquivoexecutavel java
Isto irá criar o link java dentro da /usr/home. Atenção a parte "/home/seuuser/pastadojava/bin/arquivoexecutavel" porque eu nao lembro o caminho correto de cabeça, e não estou em uma maquina linux no momento, mas é algo desse tipo ai. Outra coisa, voce não pode esquecer que seu instalador de pacotes está travado, depois terá que resolver esse problema porque senão não vai conseguir instalar programas pelo synaptic, por aqui no forum com certeza deve ter mais informações detalhadas sobre o assunto.