O PCSX-Reloaded, que é o que tem pra baixar na Central de Programas do Ubuntu, apresenta alguns problemas de tela cheia. Se você estiver usando o modo gráfico Unity (padrão do Ubuntu tanto no 12.10 com no 12.04 e algumas versões anteriores) e estiver usando o plug-in OpenGL do emulador (padrão do emulador), ao colocar em tela cheia, as barras superior e esquerda continuarão visíveis. É um bug que ainda não foi corrigido, e que levando em conta o fato do emulador ser um projeto aparentemente descontinuado, talvez não seja consertado tão cedo.
Para contorná-lo, de duas uma: Ou você troca o Unity por outro modo gráfico como o Gnome ou o LXde, ou roda os jogos usando o plug-in de modo Software (cujos gráficos ficarão um pouquinho abaixo da média).
Ou pode fazer como eu: meu monitor suporta resolução máxima de 1360x768, aí botei a resolução para 1024x768, ocupando não a tela inteira, mas ao menos 90% dela. O bom disso é que posso ver o relógio, ou monitorar recursos do computador com o Conky enquanto jogo. Durante a jogatina, posso ver como está o consumo de memória RAM e memória SWAP, bem como a temperatura do processador.