Eu não tinha instalado até dois minutos atrás, e realmente não funciona, porque ele foge um pouco do comportamento dos emuladores tradicionais (urxvt e xterm). A solução é simples, cercar o comando, então fica: gnome-terminal --working-directory="$PWD" -e 'bash -c "ls; exec bash"'
E não são comentários desnecessários, não foi a primeira e não vai ser a ultima vez que vou falar assim, porque já vi em N ocasiões usuários pedindo uma coisa, mas quando finalmente resolviam falar o "porque" (quando descreviam o problema), a solução era seguir um caminho completamente diferente. Até agora, é exatamente isso que eu enxergo aqui, infelizmente, mas tudo bem, você não é obrigado a se explicar, da mesma forma que eu não sou obrigado a responder.