Hiren Boot e Ubuntu

[PQT]

Sou inciante aqui no fórum e estou tentando configurar o ubuntu dentro do hiren boot.
É o seguinte:
Tenho um HD externo com uma partição fat32 com o hiren boot instalado, dando boot normalmente, eu qria incluir o ubuntu junto como ele, mas com um detalhe, todas as modificações q eu fizer no ubuntu (instalações de pacotes, modificações, etc...) q elas fiquem gravadas e não se percam qdo eu sair e também contenha a opção de instalação do ubuntu, igual qdo a gente dá boot pelo cd.

Eu consegui fazer parte do q eu já fiz colocando esses comandos dentro do menu do hiren boot:

title Ubuntu\nYay Ubuntu 12.10
find --set-root /syslinux/isolinux.bin
kernel /casper/vmlinuz noprompt cdrom-detect/try-usb=true file=/cdrom/preseed/ubuntu.seed boot=casper locale=pt_BR
initrd /casper/initrd.lz

Até agora eu consegui incluir o ubuntu em uma partição dentro do hd externo, mas qdo eu mando desligar as modificações não permanecem.
Qria saber também, como faço ao invés de colocar o ubuntu em uma partição (hd externo), e dar boot. Tem como fazer isso apenas colocando o ubuntu dentro de uma pasta do hiren boot?
Desculpe se não fui muito claro em minha dúvida, mas se alguém entender, será q pode me ajudar?
Obrigado!