Pera aí, fica "reduzir sistema de arquivos infinitamente", você tem desistido e parado o processo por cansar de esperar, ou ele trava e aparece uma mensagem de erro? Por quanto tempo é esse infinitamente, você esperou alguma vez? Mesmo que demore uma eternidade nunca pare o processo antes que o sistema o faça (acredite, ou ele vai seguir, ou mostrar mensagem de erro em algum momento e essa mensagem é importante para saber a quantas andas seu HD). Se com um LiveCD você conseguir acessar a partição faça um backup para outro disco, ou grave em DVDs, vários pendrives, sei lá, salve suas informações e formate tudo. É bem possível que tenha gerado bad blocks. Se isso tiver acontecido esse disco estará com os dias contados. Tive um problema parecido com um HD seagate de 320GB durante a instalação do ubuntu. Resultado: bad blocks. Usei esse HD um tempo apenas como armazém (deixei o smart desligado pra evitar mensagens de erro, mas não adiantou, com o tempo começou a ficar impraticável).