atualmente tanto o google play, apple store e a loja da microsoft (não me lembro do nome
) usam um sistema muito parecido com o que usamos no linux: os repositórios. gerenciadores de pacotes como o synaptic são extremamente eficientes para essa tarefa. caso exista a necessidade de instalar algo que esta fora dos repositórios, temos como opção o próprio synaptic além de alguns outros frontend, assim como existe as opções por linha de comando. usamos linha de comando por que gostamos, e não por que somos obrigados.
o modelo de distribuição de software no estilo "um único pacotão" é usado em algumas distribuições, as baseadas no debian usam um estilo mais fragmentado, varias dependências.
tanto pacotes .deb, .rpm, .tar.xz
e por ai vai possuem uma estrutura parecida com a que o windows installer proporciona aos desenvolvedores de software para windows, porém no linux esse controle é mais eficiente, já que muitas bibliotecas são compartilhadas, ao contrario do windows que individualiza.
o famoso next, next, finish também existe no linux, mas é menos usado e não muito aprovado pela comunidade. existem diversos projetos de interfaces gráficas para instalação de softwares no linux (não como o next, next, finish), os mais comuns são gerenciadores de repositórios (como o já citado synaptic).
atualmente uso uma distro que não usa nenhum tipo de frontend, tudo é pelo terminal, porém ao contrario do que pode parecer, é tudo tão simples e intuitivo que nem faz falta.
envie suas sugestões ao time de desenvolvimento do ubuntu, as vezes uma visão de alguém "além da janela" pode revelar uma visão que dificilmente iriam ter.