Qual é seu processador, e qual a placa de vídeo? Nvidia, ATI ou Intel?
Chegou a utilizar o PCSX2 no Windows, pra comparar o desempenho?
Pergunto isso porque minha placa de vídeo antiga era uma ATI Radeon 4850HD, e no Linux seu potencial era bastante reduzido comparado ao Windows. Troquei por uma Nvidia Geforce 9600GT, pois já usei uma Geforce 8500GT no passado, e o desempenho dela no Linux era quase idêntico ao do Windows, devido aos seus drivers para Linux serem mais bem-elaborados.
Ano passado, experimentei um caso curioso no meu computador: Tentei utilizar o emulador Dolphin para rodar alguns jogos de Wii e Gamecube, só que na época meu processador era um Pentium Dual Core, e a placa de vídeo era a ATI. Ao testar o Dolphin no Windows e no Linux, notei que seu desempenho foi inferior no Linux, provavelmente devido aos drivers da placa.
E o que isso tem a ver com o PCSX2? Bem, tanto o Dolphin como o PCSX2 são emuladores que puxam muito da placa de vídeo. Se você estiver experimentando lentidão nos jogos, e comprovar que a lentidão ocorre apenas no Linux, então ou é algo relacionado à placa de vídeo (sobretudo se for ATI), ou seu processador não é rápido o bastante para rodar jogos de PS2 no emulador.
Espero ter ajudado.