Ahh esqueci de falar,eu uso ubuntu 13.04, eu nao uso o snes9x pq ele estava consumindo do sistema no note, e o bsnes se comportou melhor e mais facil, e o controle sim é parecido com aqueles de ps1/ps2.
Se o problema for desempenho e/ou consumo de bateria em excesso, por que não usar o bom e velho ZSNES? Embora esteja defasado, ainda é o melhor emulador de Super Nintendo, no que diz respeito a desempenho.
No ZSNES, qualquer computador de pelo menos 500mhz consegue rodar praticamente todos os jogos de Super NES a 100% de desempenho. Isso acontece porque o ZSNES foi desenvolvido em ASM, o que o torna altamente portável e com melhor nível de desempenho, sobretudo quando comparado a outros emuladores como o Snes9x. O único contra que me vem à cabeça é a sua interface, que é a mesma de 10 anos atrás: Feia que dói hehe.
Mas na prática, como quase todo computador hoje em dia tem pelo menos 2000mhz de processamento, a diferença é quase nula entre os emuladores, pois em teoria todos eles conseguirão rodar praticamente toda a biblioteca de jogos de SNES sem bugs (se o Snes9x ou o Bsnes estiverem congelando ao rodar jogos, o problema é outro, possivelmente de vídeo ou áudio, como o colega Sergio Benjamim mencionou acima).
No entanto, devido ao ZSNES possivelmente ser o mais otimizado de todos, quem sabe ele seja o que consuma menos bateria do seu notebook...
Ah, ia me esquecendo: ZSNES suporta qualquer tipo de controle que você tiver plugado no seu computador. É só conectar o controle, abrir o emulador e configurá-lo em seguida.