Meus problemas não são os arquivos... Eu os deixo em outra partição... Meu problema são os programas, drives, configurações. Eu estou num momento de transição para o Linux. Não estou fazendo mais nada no Windows. Só o mantenho por precaução, caso preciso de algum programa específico só para esse Sistema Operacional. Ou seja: Já fiz muitas alterações e configurações no Linux... além de já ter instalado vários programas, drives e tal... Alguns bem complicados para alguém que é totalmente iniciante no sistema como eu.
Eu fiz a última atualização do sistema e desde então não percebi mais a instabilidade. Vamos ver se foi uma correção definitiva ou só algo aleatório (como eu disse a instabilidade não acontece sempre).