Nossa, comprei um pack do HL2 campanha semana retrasada, joguei mais da metade do jogo, e nem sabia que o Alt fazia o cara andar. No HL1 era o Shift que fazia isso.
Não sei se até o momento isso foi corrigido (até porque dei uma jogadinha ontem e tive que fazer uma atualização antes), mas na dúvida, há algumas soluções alternativas:
1. Usando programas como o Ubuntu Tweak, você pode desativar (ou mapear para outra tecla) a função da tecla Alt no Unity. Eu mesmo nunca usei esse recurso, e pra mim ele atrapalha mais que ajuda.
2. Simplesmente mude a função de andar no HL2 para outra tecla, como sei lá a letra "Z" ou "C".
Até onde joguei, não notei nenhum bug ou problema crítico que me impeça de ter uma boa experiência de jogo (tirando alguns jogos salvos falhando aqui e acolá, mas eu posso continuar o jogo em função dos capítulos liberados, então não tem lá muito problema).