Eu uso da seguinte forma: deixo uma partição livre onde ponho somente meus docs, músicas, fotos, etc... essa partição é NTFS; no rWindows ela é vista como E: e quando vou intalar o Ubuntu, defino essa partição como ponto de montagem /windows e marco para não formatar (assim ela sempre é montada automaticamente no início da sessão Ubuntu). Eu crio um atalho na minha pasta home para ela e tudo resolvido.
O LinuxMint permite que se use uma partição NTFS como /home, o que é mais prático ainda! O ubuntu só permite usá-la como /windows ou /dos e o debian simplesmente não deixa usar uma partição NTFS no sistema de arquivos!
Se for pouca coisa, use serviços de sincronia como o Ubuntu One ou Dropbox (que funcionam nas duas plataformas).