Se você tem uma partição NTFS compartilha com os dois, dependendo, se você excluir ou modificar pelo Linux, o windows vai entender que esteja com algum problema. Ainda mais se você usa só 2 partições uma com o Linux e outra com o windows, o bom é usar três, deixando uma para troca de arquivos entre os 2 SO.
Aqui de vez em quando acontece algo do tipo.