Eu ainda estou tentando entender, você está tentando formatar diretamente (manualmente, cada nota de rodapé), ou está tentando formatar o estilo? Se você tentar formatar o estilo do rodapé sem retirar a formatação manual feita anteriormente (botão direito e clicar em "limpar formatação direta"), fica meio impossível de se realizar os ajustes. Eu apanhava muito com isso, até aprender a limpar formatação direta e usar estilos em tudo.
Esse problema todo que você teve está mais relacionado ao fato da M$ não seguir padrões abertos do que com o LibreOffice. Imagine se todos as suítes de escritórios trabalhassem com o formato aberto ODF, será que teríamos tantos problemas? Não tem como o LibreOffice ou qualquer outra suíte ter filtros que importem os documentos sem nenhum problema (importação de .docx para .odt, por exemplo) se a M$ ainda insiste em usar recursos mal documentados ou que dependam de macros no seu formato fechado de documentos. Quer ver um extremo? Os formatos .doc, .xls e .ppt são um verdadeiro desafio para abrir fora do M$ Office, dado que são formatos binários, ou seja, a informação de documentos nesses formatos está toda codificada em 0 e 1, e dessa forma os programadores tem que fazer engenharia reversa (ou seja, advinhar) para descobrir qual a informação contida nesses documentos (textos, fórmulas, formatação, imagens e etc). No outro extremo temos o ODF, ele é tão aberto que mesmo sem uma suíte de escritório é possível se realizar modificações nos documentos: experimente pegar um texto em .odt, mude a extensão de .odt para .zip, abra com um gerenciador de arquivos, você vai encontrar uma estrutura dentro do arquivo, é possível se encontrar seu texto por lá, a formatação, figuras e etc. Outro exemplo é o formato aberto SVG, para desenhos vetoriais, é possível mesmo sem o Inkscape ou CorelDraw editar o desenho, é só abrir o documento em .svg com um editor de textos (gedit, kate, nano...) e vai estar tudo lá, em linguagem de marcação (xml).
Você podia ter mandado para nós o documento, mesmo com as páginas em branco, para a gente tentar mexer aqui.