acho que a memória de sua maquina esta um pouco baixa para a quantidade de HD que vc tm. e provávelmente voce deve ter ativado as configurações do compiz no ubuntu e tambem não deve ter desabilitado o plugin do Unity, que pode causar coflitos.
o convenniente é testar o ubuntu pelo live CD antes de instala-lo, para ver como ele se comporta ao lado de outro OS, com ascofiguraçõesde hardware.