Não sei se vai ajudar, mas você poderia instalar o Adobe Reader no Linux e tentar imprimir por ele, pois tem muito mais opções de impressão.
Me lembro que, três~quatro anos atrás, quando eu usava o Ubuntu 9.04, impressões frente-e-verso de arquivos PDF funcionavam melhor no programa da Adobe que no leitor de PDF padrão do Gnome (Evince, se não me falha a memória). E como eu trabalhava num lugar onde impressões eram muito solicitadas, o Adobe Reader ajudou muito nesse aspecto.