Dependendo do que for ser feito, o terminal é mais prático!
Alterações de layout de teclado, descompactação de arquivos, instalação de pacotes, criação/deleção de usuários e diretórios, na minha opinião é muito mais fácil fazer isso utilizando o terminal (ou mesmo rodando scripts) do que dando cliques e utilizando a interface.
Mas vai do gosto de cada um, acho muito válido ter as duas opções, assim ninguém fica orfão.