Heheh nao e para apagar a
pasta sources.list.d

É para vc entrar dentro dela e apagar
somente o arquivo referente ao virtualbox 
Se vc consegue restaurar ela da lixeira, restaure, se nao vamos criar ela novamente(essa pasta existe para separar os PPAS que adicionamos no sistema, que sao de terceiros, dos repositorios oficiais do ubuntu)
Vamos arrumar;
gksu nautilus
navegue ate;
/etc/apt/
crie novamente a pasta com exatamente o nome;
sources.list.dem minuscula mesmo, como esta escrito ai.
clique com o direito do mouse sobre ela e depois na guia propriedades e depois em permissoes, e ela deve estar exatamente como na foto abaixo;

Pronto a pasta esta criada.
Feche tudo, e agora como usuario normal(sem ser com o gksu) va ate la novamente navegando ate /etc/apt e agora clique novamente com o direito do mouse na pasta sources.list.d e em propriedades e depois em permissoes ela deve esta exatamente como na foto;

Se estiver tudo certo, reinicie o ubuntu e depois de um;
sudo apt-get update
para vermos.