Suas partições são separadas?
Se sim, faça uma instalação limpa da partição raiz (/) formatando-a normalmente.
Na partição (/home) não selecione formatar, apenas selecione utilizar a partição e manda executar com o seu tipo de sistema de arquivos favorito (ext4, XFS, btrfs, etc...)
Depois de instalado o sistema, atualize, instale os aplicativos que você deseja e as suas configurações pessoais estarão normais, pois a partição (/home) foi mantida intacta...
Eu sempre faço assim aqui nas minhas máquinas.