Alem da solução dada pelo Jeflui, você poderia fazer o seguinte:
listar os arquivos que estão no hd1 e salvar a saida num arquivo
ls > lista OU se você quiser aplicar algum filtro (tipo nome do arquivo) ls | grep filtro > lista
Ai você edita essa lista tirando os diretorios/arquivos que você não quer e depois roda um
cp -r $(cat lista) hd2
Cara, venho por meio deste, te agradecer e dizer que sua solução é muito inteligente e muito eficiente e pratico de se aplicar, muito obrigado cara...ja faz anos que nao sei como resolver isso, e ja tentei em diversos foruns, ja o amigo de cima, nao tenho certeza de que funciona, vou testar depois posto o resultado...
mas a sua solução foi perfeita... Muito obrigado amigo..