Estou tendo o mesmo problema com um iPhone 3GS, com iOS 6.1.6. Procurei pela rede uma resposta para isso e até consegui encontrar soluções antigas, anteriores a 2010. Mas, aparentemente, o iPhone não funcionaria no Ubuntu ou qualquer distro Linux devido ao fato de que a Apple colocou uma criptografia em todos os seus iPhones e só iTunes deteria a chave para destravá-lo. Ou seja: apenas iTunes poderia sincronizar com um iPod ou iPhone atualizado, pelo menos até que alguém consiga decodificar essa criptografia e obter uma chave para desbloquear-lo, para então sincronizar com qualquer programa de música. As soluções antigas se referem ao iOS 5.x.x e após a atualização, a chave de criptografia teria mudado, impedindo assim que se possa sincronizar o conteúdo sem o iTunes.