Pelo que sei, o xpenguins não funciona de fato no KDE. Na verdade é culpa do kwin, que usa algum recurso novo ou diferente incompatível com a forma que o xpenguins desenha os pinguins na tela. Como é um aplicativo antigo, há esses problemas mesmo.
Acredito que no Unity a causa seja a mesma. Outros gerenciadores de janela (Xfwm, por exemplo) não apresentam esse problema. Talvez desativando a composição no KDE o problema suma.