Utilizo o Ubuntu a pouco tempo, e tive problema com acentos também. Para resolver esse problema tirei o Inglês da entrada de texto, isso resolveu por pouco tempo. Então eu coloque o português ai ficou pior, mas recoloque o Português (Brasil) e deu certo, os acentos funcionaram perfeitamente. Resumindo, tire a sua entrada de texto, coloque outra e depois coloque a primeira novamente.
pode ser que não seja a solução definitiva, precisando fazer isso novamente no futuro, não sei espero que não.