Ola,
li todo o topico e não entendi nada.
Por favor indique onde estão estas pastas.
Mostre por exemplo se são partições separadas ou pastas do sistema. Use o fsck -l para isto.
Informe como está seu fstab ( em /etc/fstab)
poste a copia dos comandos que está utilizando.
Sem isto ficará impossível ajudar.
o comando chmod é padrão dos Linux /Unix, e tem que funcionar se utilizado corretamente.
Algo você está fazendo de errado, e se mostrar um passo a passo do que está fazendo, o forum pode resolver.
Vamos supor que você tem uma partição no seu hd em ntfs e deseja acessá-la como usuário. Basta editar o fstab e inserir o argumento "user".
nesta mesma situação, se deseja dar permissão posix aos arquivos contidos na partição NTFS, pode-se utilizar o chmod, invocando o endereço completo no comando, por exemplo sudo chmod -R 777 /media/<partição_NTFS>, onde <partição_NTFS> é o nome que você deu à partição.
Só dizer "Nenhum desses comando funciona, já tentei usá-los como eu disse no primeiro post." não ajuda em nada a resolver o seu problema.